Apres quelques années, le village de Konoha perdit son Hokage et n'en as toujours pas trouvé. La crise commence a l'intérieur du village le plus réputé. Dans le village du Son créer par Orochimaru des changements ont été subis. Orochimaru disparu avec Kabuto et Sasuke fonda une equipe de ninja appelé Hebi. Constitué de 3 ninjas dont lui et le fameux Madara Uchiha qui était jusque là considéré comme disparu. Shinn Tsukitoko devint l'Otokage et arriva a donner une meilleur réputation au village de Oto. Tandis que des villages subissent des problèmes, le village de Suna est plus resplendissant que jamais notament grâce au Kazekage Gaara. Kiri subit la même crise que le village de Konoha et ne se jette donc dans aucun conflit et attend patiemment. Akatsuki quand a elle se forme petit a petit et décide finalement d'attaquer le village de Oto. Apres plusieurs heures de combats intense, le village fut vaincu et l'Akatsuki obtint ce qu'elle voulu. Ils se dirigèrent apres vers le village de Suna et une bataille commenca. Pendant ce temps, Shinn Tsukitoko partit vers le mont Tsukiko pour y suivre un pélerinage. Ainsi commence l'histoire de Naruto No Seken.
Acte 2 : conclusion
Renji et Yakko affrontent Yukimura dans une bataille où les deux jeunes hommes donneront tout ce qu'ils ont face a ce dieu mais ils n'arrivent pas à le vaincre et finissent par s'écrouler. Yukimura les laisse partir et se rend à Suna pendant que les deux ninjas retourne à Oto accompagné d'Itachi. A Oto ils se retrouvent né à né avec Sasuke et l'Hébi. L'affrontement débute pendant que à Suna le combat fait rage. Le célèbre démon de Suna, Gaara affronte le chef de l'Akatsuki pendant que Tazuki Mukahi affronte Tasuko Mukahi. Les deux Mukahis se battent jusque la mort. Tasuko sort victorieux et Tazuki est finalement mort. Gaara perd lui aussi son combat mais le chef d'Akatsuki n'a pas la force pour lui extraire le bijuu. Tasuko quand à lui tombe dans le coma. A son réveil il se trouve dans une salle sombre avec un homme le regardant. Il se réveil et voit son visage brulé. L'homme se tenant devant lui n'est autre que Yukimura qui lui propose de devenir son allié. Tasuko accepte, se met un masque sur le visage et se fait appelé Heto, le fantôme. Les deux personnes se rendent vers le couloir menant au térritoire d'un descendant du Tengu. Plus précisément à Daedalus...
Fin de la partie Chaos et Pouvoir de Naruto No Seken.